Anfangs konzentrierte man sich gezielt auf solche Gene, von denen eine Beteiligung an atherosklerotischen Prozessen bereits bekannt war oder vermutet wurde („Kandidatengene“). Dazu gehören z.B. Gene aus dem Renin-Angiotensin- Aldosteron System (RAAS), dem Lipid- und Lipoproteinstoffwechsel, sowie aus Entzündung- und Koagulationprozessen. Viele dieser Untersuchungen konnten aber keine reproduzierbaren Ergebnisse in nachfolgenden Studien liefern, da einerseits der pathogenetische Beitrag jedes einzelnen Gens bei komplexen Erkrankungen sehr gering ist, und andererseits die untersuchten Patientenkollektive sehr klein waren und in der Regel nur einzelne Varianten in den Genen untersucht wurden.
